肛瘘手术后的症状容易出现局部红肿，热痛等，可能是局部有感染引起的，可以及时外科进行检查，结合医生合理治疗，平时注意饮食清淡易消化，多吃蔬菜水果。需要保持大便通畅。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘手术失败后，表现为，局部肛门外缘的瘘口，或者是伤口久不愈，里面形成内口。主要表现为肛缘的瘘口，分泌物，反复的肿胀，局部肿胀，可能伴有一些热痛等不适，考虑肛瘘复发，或者是手术失败。考虑是手术过程中并没有完全清除，或者是切除瘘口漏洞，或者是术后护理没有护理妥当。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。