肛瘘的临床症状比较常见的就是周期性反复发作的流脓，一般流出的脓液都比较稀少，肛门肿痛，在肛瘘不发作的时候一般不疼痛，但是如果有脓液积存于管腔内，引流不畅的时候就会出现局部肿胀疼痛，但是如果瘘管破溃，脓液流出以后疼痛就会逐渐的缓解。大部分病人在肛缘都可以触及到条索状的硬结。肛瘘反复发作，脓液不断的刺激肛周皮肤，会导致肛门潮湿，引起肛门湿疹，皮肤瘙痒，可以使用洗剂局部涂抹。可以口服消炎药治疗，平时要保持局部的干燥和清洁，经常的清洗，而等炎症改善以后，可以通过手术处理。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。