到正规的医院检查治疗，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。瘘管通畅无炎症时常不感到疼痛，只感觉局部发胀和不适的症状，步行时加重。
树立正确的饮食习惯因肛瘘的发生与湿热有关，杜绝刺激油腻性食物，饮食清淡并多食富含维生素的食物，如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜、水果是肛瘘护理要点。纠正过去不良的排便习惯如排便时间过长等，每日排便后坐浴保持肛门清洁是肛瘘护理要点之一。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
推拿是不能治疗肛瘘的。不过做推拿对身体的好处还是有很多的，推拿是利用人体的经络、穴位、皮肤接触性来进行的治疗的方法，能疏通经络、推行气血、扶伤止痛、祛邪扶正、调和阴阳。
一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。