每种肛瘘类型病人采用两种手术方法治疗，分别比较两组手术方法治疗效果、术后疼痛、创伤愈合时间及肛门括约肌功能。低位单纯性肛瘘组分别采用改良肛瘘切缝引流术和瘘管切开基底缝合术治疗。
有高位复杂性的肛瘘，需要通过手术的办法进行治疗，位置越高越复杂的肛瘘，相对来说恢复的就越慢。还是要及早的进行检查和治疗，要避免大便干燥的情况。平时应该清淡饮食，避免辛辣刺激食物。
高位复杂性肛瘘是可以通过治疗缓解的。由于肛瘘的程度是比较严重的，所以通过的手术治疗修复治疗的时间就要比较长次数就比较多不用过度的担心进行一些系统的调理和治疗都会慢慢缓解的。并且可以注意饮食避免吃一些刺激性的食物同时通过局部的手术进行修复都有一定的调理的作用一定要坚持并且注意日常生活规律。
肛瘘不能自愈，必须手术治疗。首先，时间长了容易癌变。其次，没有癌变者，增加肉体和精神上的痛苦，如肛门会经常疼痛，内裤是经常被脓血污染的，尤其是局部皮肤瘙痒，令人难以忍受。使体质下降，抗病能力下降。经常流脓血会导致贫血，感到很虚弱、没力气，精神萎靡等。所以，肛瘘对人的危害是很大的，及早手术治疗是上策。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。