肛瘘不能自己愈合。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应结合内口位置的高低、瘘管和肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽最大可能减少肛门括约肌的损伤，避免肛门失禁，同时避免瘘的复发。
肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
肛瘘这种疾病多继发于肛周脓肿，属于肛周的一种慢性感染性疾病。也有一部分，尤其是中青年人，有克隆氏病或者溃疡性结肠炎，也会表现为肛周多发的瘘口。病人会表现为肛周潮湿，有明显的分泌物，伴有异味，可以发现内衣潮湿。查体局部有瘘口，挤压有脓性分泌物，通常可以进行造影、核磁共振检查明确诊断。
肛瘘是肛周脓肿，肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成肛瘘，或者是直肠肛门损伤导致的外伤，吞咽骨头金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠细菌侵入伤口引起肛瘘，还有就是肛裂反复感染并发皮下瘘所致。