肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
恢复是可以的。肛瘘手术多久能恢复要看疾病的严重程度，较轻的肛瘘住院一到两周就能恢复，严重的肛瘘需要较长时间。肛瘘术后一周左右疼痛症状应该可以改善，主要是需要每天大便后温开水坐浴，保持伤口清洁，三至五天换药一次，建议饮食上避免食用辛辣刺激性的食物，积极预防便秘很重要。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘位于直肠肛管周围，做手术要切开或者切除，或是挂线，伤口要敞开，所以恢复起来比较慢。因为肛门每天都要排便，所以每天要坐浴，清洗伤口，需要三，四周才能够恢复。比较轻的，可能时间会再短一些，比较严重的肛瘘也要6-8周才能够恢复。
肛瘘手术多长时间可以康复也是因人而异的，大多数在2-3周左右是可以完全康复的，术后的护理对于病情的康复发挥积极的作用，在术后还要采取一些防感染措施，饮食上也要做到以流质食品和半流质食物为主。