肝囊肿较小，不需要特殊治疗。肝囊肿较大，需要行手术治疗，常用的有经腹腔镜的肝囊肿开窗术，细针穿刺抽液硬化术等。积极配合治疗，保持有规律的生活习惯，不要饮酒，不要熬夜等。
肝囊肿手术有很多，具体分析如下：
肝囊肿通常有寄生虫性肝囊肿和非寄生虫性肝囊肿两种类型。非寄生虫性肝囊肿有先天和创伤两大类，常见的是先天性肝囊肿，先天性肝囊肿可分为单发性和多发性两种，多发性肝囊肿常伴有多囊肝。在外科治疗方面，通常认为只有在肝囊肿有明显的压迫症状时，才会进行外科治疗。目前，对较小的肝囊肿需要进行严密的观察，并定期做B超检查，如果有较大的肝囊肿压迫症状，则需要手术。
属于肝囊肿，建议定期复查的，并且肝囊肿主要考虑为肝内迷走胆管，或肝内胆管和淋巴管的发育障碍引起的，如果囊肿较大引起后饱胀、食欲减退、恶心和呕吐等症状可以考虑手术治疗的。
一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
直径较小而无临床症状者不需要治疗。对于囊肿直径超过5cm以上，有腹腔脏器压迫症状者，可在超声引导下行穿刺抽液术治疗，嚢液抽尽后可注入无水酒精破坏囊壁。如果囊肿出现破裂、囊蒂扭转、囊内出血或者巨大囊肿压迫器官需要外科手术治疗，根据不同情况而采取囊肿开窗术、内引流术、囊肿切除术或者干部分切除术。