无论是哪一侧上的附件囊肿，只要体积不大没有超过五公分，肿瘤指标检查结果在正常范围之内，可给予定期观察。特别是对于卵巢黄素囊肿，一般无需特殊处理，多可自行吸收。但对于存在卵巢囊肿破裂或蒂扭转的，临床出现急腹症的，需要急诊行剖腹探查手术。
卵巢囊肿的体积不算小，如果没有疼痛，那么可以先服用药物治疗，定时复查，如果有疼痛或者是发现囊肿长得快，那么采取手术治疗，术后可以做一下病理学检查，如果排除是恶性病变，那么就不必太担心了。在手术之后还得定时到医院复查。
右侧附件区的囊肿，首先要确定是生理性的还是病理性的，右侧附件区的囊肿，有可能是输卵管的积水，有可能是卵巢的囊肿，单纯性的囊肿需要观察2-3个月，如果2-3个月没有消失或者逐渐增大，就是卵巢肿瘤，需要做手术的。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。
双侧附件囊肿，是炎症引起炎性囊肿，可进行对症消炎、止痛。囊肿是巧克力囊肿，通常可能会引起痛经，应该看一下囊肿大小，如果是月经长时间推迟导致出现了生理性囊肿的可能大，避免压力大。