黏液囊肿不会自愈。通过手术切除，效果较好。手术时采用局麻方式，切除囊肿及与其相连的黏液腺体。但由于切口周围黏液腺体非常丰富，手术本身有可能损伤到腺体组织，受损伤的腺体组织有可能又演变出新的囊肿，因而本病有可能复发或再发。
现在主要是下唇部位的粘液腺囊肿，这个囊肿不太大，所以暂时先观察比较合适，如果没有疼痛的转账，暂时不用治疗。现在可以先观察一段时间，如果是出现了疼痛肿胀或者是囊肿生长比较快，那就建议做手术治疗比较合适，有利于疾病的控制。
黏液腺囊肿是可以自愈的；一般要从饮食、卫生上注意，进行观察。如果反复发作就要选择手术治疗了。反复发作的粘液腺囊肿与周围黏膜无粘连的囊肿，可行摘除术。多次复发或有瘢痕粘连的囊肿，可行切除术；亦可考虑采用硬化剂注射，冷冻或激光治疗。
可以手术切除，也可以冷冻治疗也是可能的。手术后需要注意的是避免伤口感染，也需要抗感染治疗，但这种疾病很容易复发将囊肿的囊壁完整的切除，可以减少复发的概率，只要完整切除的话，复发几率是比较小的。
腱鞘囊肿具体发病原因不明，可能和长期外伤有关。可为损伤、过度劳损（特别可见于手和手指的关节处）、骨关节炎、某些系统免疫疾病。较多出现在需要长时间反复做一些关节活动的人身上，例如打字员和切菜工，经常看到的患处是手腕，手指和脚的部位。
如果患者发生腱鞘囊肿，出现疼痛症状，可以采取药物治疗，也可以到医院挤出脓液，帮助囊肿消除，必要时需要采取手术治疗。
