治疗可以采取微创手术，可以做肠镜手术，一般手术中需要用麻醉，因此在手术中是感觉不到疼痛的。因为在做肠镜检查时一般不需要麻醉，所以会有明显的感觉，做手术不一样，会采取麻醉，不会有疼痛感的。同时要注意休息，劳逸结合，要注意饮食合理。
肛乳头瘤治疗期为一周。在平时保持大便的通畅，并适当的多食一些含有纤维素的食物，以预防便秘，缓解肛门部位包块及痔疮的情况，若出现肛门部位疼痛加重时，可以选择手术治疗。
外痔可表现为疼痛等，如诊断为外痔可应用1：5000溶液坐浴，外涂痔疮膏，服用等治疗，保守治疗效果不佳者可进行手术治疗，肛乳头瘤保守治疗效果不佳，建议手术治疗为宜，平时忌酒辛辣刺激性食物，保持大便通畅，避免久坐。
可以不手术治疗，用中药灌肠效果比较好。比如硝酸银溶液和紫溶涂抹在乳头上。也可以温水或药物坐浴，局部热敷可以改善血液循环，促进炎症吸收。坐浴也不错。注意肛门卫生，便后及时清洁。饮食避免辛辣刺激，不能喝酒，千万别受凉。
肛乳头瘤为良性肿瘤，有趋向恶变的可能，要及早治疗。中西医结合治疗，是较常采用的方法，中医采用结扎方法治疗，结合使用中药，通过人体整体的调整，充分调动人体内在的因素，而达到治疗的目的。西医是进行手术治疗，微创治疗肛乳头瘤。如果将二者充分的结合起来，互为应用，对疾病的治疗和预防，将起着积极的作用。
肛乳头瘤不是很严重的情况下可以采取温水或者药物坐浴的方式，效果还是很不错的，也可以局部涂抹药物，加快炎症消退，但如果炎症较重还是要考虑手术治疗，毕竟手术治疗彻底。