乳腺囊肿直径超过5厘米一般须要手术治疗，如果同时伴有进行性加重的痛经及痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位囊肿。明确诊断后对症治疗，配合医生治疗方案进行治疗，有利于病情的有效控制，符合手术指征医生会建议手术治疗。采取不同的治疗。如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤可以紧密随访，即2-3个月检察一次，以后再根据情况调整检察间隔时间。
乳腺囊肿检查到可疑恶变需要做手术。其囊肿比较大，如有的那种突破了乳房的界限，超过两公分需要手术。穿刺出来不是囊液，不是乳汁液，而是血液或其他成分的细胞，需要做手术。平时注意休息，不要过于疲倦疲乏，注意饮食规律，多吃富含维生素的蔬菜与水果。
乳腺囊肿发病因素多种多样，有先天遗传因素，也存在后天慢性损伤刺激因素，确定是否是乳腺囊肿，这需要与常见的乳腺纤维腺瘤、乳腺癌、乳腺增生相鉴别，不同疾病处理原则不一样。假如确诊乳腺囊肿无需要紧张，多数乳腺囊性增生属于良性病变，定期复查乳腺彩超即可。
乳腺囊肿可以通过手术或病理穿刺来治疗。
由于乳腺囊肿是乳腺的良性肿瘤。通过手术切除，是可以完整的切除，不会引起复发或其他病变。而穿刺治疗适用于不宜手术切除的病例，也是有治疗作用的。
建议患者在日常生活中注重个人的饮食，不要食用生冷、辛辣等食物，多吃新鲜蔬菜，饮食清淡，禁烟禁酒，注重锻炼，保持愉悦心情。
去除乳腺囊肿的方法主要有服药疗法和手术疗法两种。
一般来说，乳腺囊肿还没有2cm的时候，可以考虑使用药物进行治疗,用中药或者中成药都是对较好的，当乳腺囊肿到达2-5cm时候可以采用抽取囊液的方法进行治疗，当在乳腺囊肿大于5cm时后,可以采用微创手术的方法进行治疗。
建议患者需要规律生活，保持心情舒畅，养成良好的运动习惯。
大于三厘米就要手术治疗，切除后平时饮食上可以多吃一些防癌抗癌的食物。乳腺囊肿都是属于良性的较多，如果瘤体不大建议可以继续观察，定期的做好复查，如果囊肿大可以通过手术治疗。