如果囊肿不大，没有症状，不需要药物治疗。单一肾囊肿的唯一危害就是可能发展成恶性囊肿，不过这很少发生，无痛而良性的肾囊肿不需要治疗。如果肾脏囊肿发展，可能导致恶性。最好是在早期就有警惕，才能及时加以防止。
肾囊肿是一种非常常见的肾脏良性肿瘤性病变，如果囊肿直径在5.0厘米及以上，就有可能引起血尿，腰部胀痛不适，高血压等健康问题，就需要采取手术或者穿刺抽液的方式进行治疗。
肾囊肿可以引起肾脏皮质的破坏，影响肾脏功能。
囊肿增大压迫肾组织可引起血尿，并可诱发尿路感染、结石、梗阻及腹膜后出血，少数有恶变的可能。一部分肾脏肿瘤（如囊性肾癌）会因为肿瘤内部形成坏死。囊肿很大时，才会有腰部酸痛症状。当囊肿较大时或者有肾功能减退。囊肿有可能突然破裂,导致感染和病情加重,长期压缩周围的肾组织影响肾功能。
建议早发现早治疗，建议去医院请医生结合临床择期进行手术治疗，并注意个人卫生，保持心情舒畅，避免过度劳累，加强营养，忌食生冷油腻辛辣刺激性食物，忌烟酒。
肾囊肿的治疗根据囊肿的大小以及其它各个方面的不同，有不同的治疗方式。当囊肿比较小的时候，小于四个厘米，没有特别的临床症状，可以密切的随访观察。大于四个厘米的，有临床症状的，可以考虑手术治疗。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。