蛋白尿多数是各种原发性肾病或者继发性肾病造成的，首先要明确病因，根据基础疾病不同，对症治疗原发病，比如高血压肾病，控制好血压、糖尿病、肾病、血糖，乙肝等相关肾病，控制乙肝病毒复制。原发性肾病，需要明确病理类型，应用激素和免疫抑制剂。去医院确诊病因，再进行治疗。
蛋白尿的治疗方法主要是口服抗生素药物和应用保护肾脏的药物进行治疗。蛋白尿多数是各种原发性肾病或者继发性肾病造成的，另外有可能是由于剧烈运动、接触热源、发热等原因引起的蛋白尿。
在治疗蛋白尿之前，要对蛋白尿的原因、严重程度、类型、加重因素以及病人的合并症等进行全面分析，才能制订合理的治疗方案。蛋白尿的治疗措施有很多种，包括生活方式管理，控制血压、控制血糖，使用降低肾小球内压力的药物、激素、免疫抑制剂、生物制剂、中药等。但是具体该给谁使用、什么时候使用、如何使用，一定要根据原发病的具体情况而定。
出现尿蛋白，就提示有肾脏损伤，对于它的治疗，需要根据尿蛋白定量的多少，以及肾脏病理结果，来制定针对性的治疗方案。对于少量蛋白尿的，可以先应用保护肾脏的药物，尿蛋白定量偏大的，需要检查肾穿刺，来明确具体的肾脏病理类型，往往需要在治疗的基础上，加用激素或者免疫抑制剂治疗。
蛋白尿没有自我治疗的办法。需要进行泌尿系B超等检查评估病情，必要时可以行肾脏穿刺活检术，明确病理类型，以指导治疗。常用的治疗蛋白尿药物，主要有无激素类药物，可以通过抑制免疫反应，控制蛋白尿，可以通过相关的药物作用，起到降压降蛋白的作用。
肾病的病人出现了蛋白尿，治疗还是根据病人的病理类型来决定的。像有些疾病如急性肾炎，这一类人可能只要休息或者对症处理他的蛋白尿就可以消失。但是有些病人，尤其是临床比较偏慢性的这一部分病人出现了蛋白尿，他的治疗要根据病理的类型来选择药物。