肾囊肿直径大于4cm之后就要手术治疗，或者是肾盂旁的肾囊肿压迫肾盂造成了肾积水，所以要手术治疗。因为囊肿直径大于4cm或者造成积水，会对肾脏造成一定损害，所以要手术治疗。
肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
肾囊肿是肾脏十分常见的一种疾病，属于良性的病变。在彩超检查中囊肿一般呈囊壁光滑，囊内液体透亮。囊肿如果较大通常需要手术进行治疗，一般规定囊肿直径如果在8cm以上，通常是符合手术指征的。
肾囊肿直径大于五公分，需要通过超声引导下囊液抽吸术，并能内注射硬化剂治疗，如果囊肿巨大，直径超过十公分，需要手术治疗。同时如果能中直径小于五公分，是不需要做手术的，只要在家好好调理，就都是可以恢复的，日后要少吃辛辣食物，多喝水。
硬脊膜外腔阻滞麻醉或全麻。肾囊肿颇为多见，由多种疾病所引起，可发生于任何年龄，而以成年和老年更多见，可引起肾脏形态和功能改变，直至造成肾功能衰竭等严重结局而死亡。生活上忌烟酒，忌吃辛辣刺激性食物。保持心情舒畅，睡眠充足。适当参加锻炼的。
早期肾囊肿没有症状，不会出现身体的不适，不需要治疗，只需要每6个月到12个月复查一次就可以，出现症状或囊肿较大时，一般才用手术治疗，可以基本控制疾病，当前医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。