需要根据囊肿的大小而定，如果囊肿较大就需要进行手术切除，药物治疗是没有什么效果，而且在术后定期复查囊肿，是有复发可能。囊肿是属于基因突变导致的，大部分是良性的，囊肿过大是会引起肾功能的损伤，需要特别的注意。
如果是单发的囊肿，是单纯性的囊肿，是个良性的病变，肾囊肿没有临床症状时不做什么治疗，放松心情，注意休息，饮食勿食辛辣刺激的食物，定期检查，平时生活中在饮食上也要多注意，不要食用过多的辛辣的刺激性食物。
肾囊肿是一种良性的囊肿，是不需要特别治疗的，可以定期检查的，平时注意生活规律，保持良好的体质情况，另外需要注意，避免辛辣刺激性的食物，避免剧烈运动的，如果是囊肿超过五公分，可以做一个穿刺的，超过十公分可以做一个手术治疗。
肾囊肿是肾脏的一种常见疾病。目前肾囊肿形成的机制还不太明确，但认为与肾小球憩室的形成有关系。单纯的肾囊肿没有明显的症状，当肾囊肿增大到一定程度出现压迫输尿管而导致肾积水症状，或者影响肾功能是需要处理。可以去医院完善相关检查，再确定进一步的治疗。
直径超过10mm则可能需要手术治疗。手术切除囊肿也不是一件容易的事，肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。