癫痫的发病机制非常复杂。中枢神经系统兴奋与抑制间的不平衡导致癫痫发作，其主要与离子通道神经递质及神经胶质细胞的改变有关。特发性癫痫病人的脑部并无可以解释症状的结构变化或代谢异常，其发病与遗传因素有较密切的关系。
特发性癫痫是指无脑部器质性或代谢性疾病表现、致病原因尚不明确的一类癫痫，又称真性或原发性癫痫。随着医学科学的不断发展进步，引起癫痫发原因不断被发现，特发性癫痫的比例日渐缩小，故有学者将此类癫痫又称为隐原性癫痫。
特发性癫痫的病因是，遗传性，后天性的，难产出现缺氧缺血性脑病的情况；脑炎后遗症、脑肿瘤、颅脑外伤及脑血管病如脑出血或者脑梗塞的后遗症，还有部分脑血管畸形的病人。
目前认为特发性癫痫综合征大多数具有单基因遗传。良性家族性新生儿癫痫是常染色体显性遗传，存在遗传异质性，家系研究表明，良性家族性婴儿癫痫基因定位于19号染色体短臂。
特发性癫痫的可能病因：它是一组特定的癫痫综合症，对于儿童，往往和年龄有密切关系，有些与遗传因素有关系，如：胎儿在母腹中时，孕母突然受到惊吓，引起气机升降紊乱，导致肝肾精血亏损，引起胎儿发育异常，出生后就出现此病症状。
特发性癫痫是慢性反复发作性短暂脑功能失调综合征。以脑神经元异常放电引起反复痫性发作为特征。癫痫是神经系统常见疾病之一，病发率仅次于脑卒中。反复癫痫病发作会影响病人的心理健康，造成严重的自卑感甚至造成孤僻症，另外大发作的话，还有可能会出现窒息、摔伤等危险。