目前认为特发性癫痫综合征大多数具有单基因遗传。良性家族性新生儿癫痫是常染色体显性遗传，存在遗传异质性，家系研究表明，良性家族性婴儿癫痫基因定位于19号染色体短臂。
特发性癫痫是指无脑部器质性或代谢性疾病表现、致病原因尚不明确的一类癫痫，又称真性或原发性癫痫。随着医学科学的不断发展进步，引起癫痫发原因不断被发现，特发性癫痫的比例日渐缩小，故有学者将此类癫痫又称为隐原性癫痫。
特发性癫痫的病因是，遗传性，后天性的，难产出现缺氧缺血性脑病的情况；脑炎后遗症、脑肿瘤、颅脑外伤及脑血管病如脑出血或者脑梗塞的后遗症，还有部分脑血管畸形的病人。
癫痫的发病机制非常复杂。中枢神经系统兴奋与抑制间的不平衡导致癫痫发作，其主要与离子通道神经递质及神经胶质细胞的改变有关。特发性癫痫病人的脑部并无可以解释症状的结构变化或代谢异常，其发病与遗传因素有较密切的关系。
导致癫痫发作的原因有很多先天性疾病：如染色体异常，遗传性代谢障碍，脑畸形及先天性脑积水等。外伤：颅脑产伤是婴幼儿期症状性癫痫的常见原因，挫伤，出血和缺血也能导致局部脑组织软化，日后形成癫痫灶。
原发性癫痫的病因有很多，如先天性疾病，颅内肿瘤，脑炎，脑膜炎都可引起癫痫的发生。另外还与大脑某些神经细胞发育异常，细胞内外电解质失衡，免疫功能缺陷有一定的关系。