治疗骨囊肿方法有药物治疗、手术治疗等。
骨囊肿发生后，通常情况下，存在着两种处理方式。一种是外科手术治疗，另一种就是药物治疗。当骨囊肿相对较小时，症状相对较轻者，通常采用保守治疗，定期复查并观察骨囊肿改变情况，是否吸收或是否变大。骨囊肿相对较大时，症状较严重者，应以手术治疗为主，由于骨囊肿若不能被吸收，渐渐地增加了，这会损害骨头强度，作用于骨的强度，当骨骼受到相对较轻伤害时，很可能发生骨折。另外，由于患者的年龄较大，身体机能也会随着年纪的增长而下降，这样对于骨质疏松造成了非常严重的威胁。因此，在这样的情况下，应采取手术治疗的措施。
孩子得了骨囊肿疾病后，通常治疗费用约为1万-3万元，这和是否要植骨有关。
每个城市消费水平都不一样，所以在治疗骨囊肿费用定价上有一定差距，建议父母们可带着孩子去正规三甲医院就诊，并根据其体质来选择治疗方法，以确保其尽快恢复健康。
一般如骨囊肿为良性症状时，可选用手术方法去除疾病，灶会在医师指导下同时选用药物方法来控制疾病进展，以避免恶化和病变问题。
骨囊肿不要抽烟喝酒。忌辛辣刺激性食物，如葱、蒜、姜、花椒、辣椒、桂皮等。宜多吃具有抗骨肿瘤作用的食物：山羊血、鲎、蟹、羊脑、海参、牡蛎、鳖、龟、沙虫、鹿血、大叶菜、麦片、小苋菜、油菜籽、沙枣、香芋、栗、野葡萄。
舌下骨囊肿需要查看病情的严重性，选择治疗的方法，通常要经过手术来进行治疗，术后保持口腔卫生，做好消炎护理，注意忌烟酒，要休息好，不要吃一些易上火的食物，可以多吃蔬菜和水果。
患者囊肿有可能渐行性增加、渐行性增大。骶骨囊肿不治疗会对附近的神经根、甚至脊髓的末端以及骶骨等邻近结构形成压迫性冲击。可以造成骨质的吸收，可以造成神经根压迫，引起神经根性的疼痛。除此之外，还可能会引起大小便功能障碍，比如便秘、尿频、尿急，排尿困难，以及男性患者往往会发生性功能障碍。建议尽早去医院治疗，以免贻误病情，从而造成身体更大的伤害。