一般情况下，腱鞘囊肿可能是关节退行性变，慢性劳损以及外伤等引起。
1.关节退行性变：长期的炎症刺激、感染等因素，可引起关节囊、韧带以及腱鞘等组织营养不良，从而继发退行性改变，导致腱鞘囊肿的发生。
2.慢性劳损：主要见于一些需要进行长期、重复关节活动的职业，如长时间电脑操作的行业、货物搬运工以及打字员等，慢性劳损可刺激或损伤腱鞘，从而继发腱鞘囊肿。
3.外伤：外伤可能导致腱鞘组织的损伤，也可能损伤附近关节囊，导致腱鞘囊肿发生。
籽骨一般不会引起腱鞘囊肿，。
子骨一般不会导致腱鞘囊肿，籽骨其实就是指在某些有筋腱转折的地方，或是关节突起的地方，都会出现一些圆形的小骨头。这种骨骼的出现，并不是一成不变的，而是像是一个支点，可以增强肌肉的收缩能力。籽骨一旦长出来，就会因为周围的环境被挤压、摩擦，从而引起籽骨的炎症，也有可能是籽骨的滑囊炎，但是并不会引起腱鞘囊肿。通常情况下，子骨附近没有腱鞘。如果有子骨周边的病变，可以选择保守治疗。如果不能通过保守治疗，可以考虑手术摘除子骨。
腱鞘囊肿的形成与其活动、组织退变等因素有关。如果得了风湿、感染等免疫系统疾病，以及骨性关节炎等，都会导致腱鞘囊肿。具体是这样的：
腱鞘囊肿一般出现在腕部和足背，由于这两个部位的运动比较频繁，腱鞘比较窄，一些工作人员经常做一些固定的运动，比如程序员、打字员等，由于经常运动，导致肌腱与腱鞘之间的摩擦，导致滑膜出现了无菌性的炎症肿大。当年老时，关节囊及肌腱纤维组织会逐渐松弛，膨胀的滑膜囊会逐渐增大，而囊肿的外层则会变硬，从而产生腱鞘囊肿。如果是因为女人喜欢穿高跟鞋，可能就会造成前脚的压力，从而造成关节的不正常，从而造成滑膜内的无菌性炎症，从而形成腱鞘囊肿。
脚踝腱鞘囊肿可能是扭伤、关节炎等原因引起的。
1.扭伤：扭伤是指四肢关节或躯体部位的软组织损伤，而无骨折、脱臼、皮肉破损等，临床主要表现为损伤部位疼痛、肿胀和关节活动受限，多发于腰、踝、膝、肩、腕、肘、髋等部位，可能会导致脚踝腱鞘囊肿。
2.关节炎：关节炎泛指发生在人体关节及其周围组织，由炎症、感染、退化、创伤或其他因素引起的炎性疾病，临床表现为关节的红、肿、热、痛、功能障碍及关节畸形，因此可能会导致脚踝腱鞘囊肿。
引起腱鞘囊肿的原因有：
关节囊、韧带以及腱鞘的结蒂组织退变引起的疾病。或者是轻度外伤或劳损导致腱鞘变薄，引起关节腔内积液突出，形成腱鞘囊肿。腱鞘囊肿一般经保守治疗，预后较好，可以自行消退，且不再复发，部分患者还需要手术切除治疗。但是，如果患者后期继续从事手部工作时，很可能会导致腱鞘囊肿复发，所以需要注意休息。
腱鞘囊肿可能是骨关节炎引起的。腱鞘囊肿是一种囊性肿物，位于关节内或腱鞘内，里面有无色透明、白色、浅黄色的液体。其病因主要是由肌腱、腱鞘、结缔组织长期炎症所致。腱鞘囊肿在各个年龄段均可发生，但多见于中青年，多见于妇女，多见于腕关节的背侧、腕关节的桡侧、肘背、腘窝等。其病因是由于关节囊、韧带长期劳损导致的营养不足，导致内部有增生性改变、渗出等。