巧克力囊肿根据现在囊肿的体积采用不同的治疗，较大的囊肿，药物是不能解决问题的，需要配合其它的治疗，囊肿小你可以住院观察一段时间，增大就通过腹腔镜手术切除，巧克力囊肿单纯的口服药物是不会起到很好的效果的，平时多注意休息，忌辛辣食物。
巧克力囊肿变小的方法非常多，可通过药物治疗、物理治疗以及手术治疗等形式来进行治疗，巧克力囊肿并不是一种疑难杂症，但是一定要采用合理的方法治疗，这种疾病会对女性的生育能力产生一定的影响，所以采用合适的方法治疗，才能够避免对女性的生殖健康产生影响。
卵巢巧克力囊肿是常见的一种妇科疾病，是子宫内膜异位的一种表现，的治疗方法有很多种，比如电灼治疗，通过电钓来切除子宫内膜的异常病灶；局部治疗，可以缓解巧克力囊肿带来的痛经、不孕、包块以及盆腔结节。
巧克力囊肿是比较好治的，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所引起的一种病变，会随着月经的次数增多，会继续的增大，治疗方法就是通过腹腔镜手术来进行切除的，一般可以采取保守治疗来进行治疗的。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。