巧克力囊肿变小的方法非常多，可通过药物治疗、物理治疗以及手术治疗等形式来进行治疗，巧克力囊肿并不是一种疑难杂症，但是一定要采用合理的方法治疗，这种疾病会对女性的生育能力产生一定的影响，所以采用合适的方法治疗，才能够避免对女性的生殖健康产生影响。
经期时囊肿内出血较多，囊腔内压力增高，囊壁可出现小的裂缝并有极少量血液渗漏，但裂缝很快被漏出物引起的腹膜局部炎症反应和组织纤维化所闭合，并导致卵巢与临近的子宫和肠壁粘连，往往也累及输卵管。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。