妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。
盆腔炎症引起卵巢囊肿可以用相关的外用药膏进行涂抹，来缓解不适。不过平时还是需要注意生理卫生，以及身体保健，禁止不洁的性生活，以及器械所造成的附件炎症，必要时还得去医院。
说明囊肿已经发展到一种地步。应该去医院进行手术治疗。卵巢内的囊肿进行刮除。这样子就可以恢复正常的激素分泌。也就会恢复正常的月经，并且要注意会阴部的清洁。特别是在做手术前后。
炎症引起的卵巢囊肿可以给予抗生素消炎治疗，如果囊肿直径小于5公分，保守用药的同时定期复查就可以，若是囊肿直径大于5公分，或是检查提示大小有明显增大，则多采取手术治疗的方式。
如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性囊肿，可以密切随访，即2－3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间；若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，需要手术治疗；如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛、盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症。
卵巢囊肿引起发烧需要服用退烧药物治疗。
卵巢囊肿引起的发烧，一般是高烧，所以需要服用退烧药物进行治疗，具体的药量要在专业医生指导下服用。患者还要尽快的治疗卵巢囊肿，卵巢囊肿的治疗分为保守治疗和手术治疗，保守治疗是以药物为主，手术治疗分为开腹手术和腹腔镜手术。
卵巢囊肿属于妇科疾病，诱发的原因主要是和情绪或者不规律的饮食有关。所以建议女性在日常生活中，保持一个平稳的情绪，同时也要注意饮食均衡和荤素搭配。