西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿是“肿块”但并非“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。较小的卵巢巧克力囊肿，通常不易发生破裂。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。