巧克力囊肿最大有多大是无法确定的。但是是很严重的疾病，要及早的接受治疗，以免引起其并发症。巧克力囊肿术后易复发，术后应立即服用中药或西药巩固疗效。巧克力囊肿是由卵巢子宫内膜异位症引起的，子宫肌瘤可能与内分泌有关。
卵巢的巧克力囊肿是一种常见的疾病，只要女性患者认真的配合医生做治疗，基本上都会被治愈。如果被治愈后的患者不注意对个人卫生以及清洗方面的管理，很在可能会出现疾病复发的状况，这种疾病的复发率大约是在30%的左右。卵巢巧克力囊肿是存在于女性卵巢、输卵管内膜的一种囊肿，如果女性患者不将其摘除可能会诱发自己不孕症。
巧克力囊肿是引起不孕的原因之一。做了巧克力囊肿剥除手术，怀孕的几率还是很大的。不过建议手术之后还要继续用孕激素治疗三个月经周期，避免复发。只要争取怀孕的话，巧克力囊肿也不容易复发。
患有巧克力囊肿，还是会怀孕的。如果囊肿是单纯的，那么另外一侧肯定就是正常的排卵。如果囊肿是上册的，但是如果并不大，也不会影响到明显的排卵。所以说要根据自己的情况来判断怀孕的概率。是否能怀孕，不光是与囊肿有关，还跟卵子的质量，精子的质量，排卵阶段同房等都有很大的关系。
巧克力囊肿一般超过三厘米是属于严重了，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗，饮食上要注意多补充维生素，多吃水果，尽量不要吃辣椒海鲜等刺激性食物。
怀孕的机率大小与患者手术的成功率有很大的关系。如由于巧囊造成不孕的病人，手术后就可自然受孕。现在定期到医院做妇科就可以了，如果生育能力都正常就可受孕。在排卵期同房可以提高受孕。