最主要的诊断还是把囊肿拨下来送病理做化验。病理切片诊断治疗，在临床上，一部分的辅助检查也会判断。囊肿更趋向于良性还是恶性，在临床上，一兜水样的囊肿里边就是超声提示是无回声，这种良性的可能性会更大；如果囊肿提示是囊实性，里边有实性成分，有特殊的血流信号，尤其是低阻的血流信号，要警惕会不会是恶性，术中也可能会送冰冻，最后的诊断还是靠石蜡切片才能证实是良性还是恶性。
卵巢良性肿瘤一般病程长，生长慢，多为单侧，活动，囊性多见，表面光滑，无腹水，B超检查为液性暗区，边缘清晰。卵巢恶性肿瘤病程短，生长快，多为双侧，实性或囊实性，表面不光滑结节状，常有腹水，多为血性，可查到癌细胞，B超检查回声杂乱，边缘不清晰。
不一定，良性或者恶性可从患者的症状和生长速度等方面进行判断良性的卵巢囊肿一般生长慢，不良反应少，恶性的囊肿会迅速的长大，有时可能会有流血，腹痛等症状存在。良性囊肿多发生在生育期妇女身上;而恶性囊肿一般发作于青春期前少女、青少年或绝经后妇女。早期即有转移病灶，并迅速出现消瘦等恶性病变表现。体征：良性者常为单侧，可活动，表面光滑，包膜完整，囊性，不伴腹水;而恶性者有时为双侧，不活动，与周围组织常有粘连，部分为实性，表面不光滑，可能穿破包膜，种植在腹腔或盆腔内，在子宫直肠陷凹处可触到固定的结节，常伴有血性腹水，如抽吸腹水检查可能查到癌细胞。禁忌：1、饮食宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。2、适宜食物：牛奶、菠菜、山药、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。3、禁忌食品：蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、桂圆、橘子、白酒等。4、避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。
判断卵巢囊肿是良性肿瘤还是恶性肿瘤，主要依据以下几个方面：第一、卵巢囊肿要根据肿物的大小判断，囊性是否伴有出血、坏死，囊内容物是浆液性还是黏液性。一般恶性肿瘤会出现实性肿物，多彩状，伴有出血坏死等。第二、卵巢囊肿需要经过手术切除来进行病理检查，并根据组织细胞结构的特点来诊断，必要时应该结合免疫组织化学染色和基因检测从而进行有针对性的治疗。
卵巢囊肿有生理性的和病理性的，生理性的是发生在排卵期或是怀孕早期的，是由于体内激素波动造成的，后期是会自行消失，不需进行治疗的。病理性的一般是炎症感染刺激造成的，属于良性的肿瘤。是可以先服用药物保守治疗的，后期观察囊肿的变化，逐渐增大出现混合性包块只要不恶化变异，需要进行手术治疗，一般是进行腹腔镜下剔除术的。
良性卵巢囊肿病程长，囊肿逐渐长大，多无不适症状；而恶性者病程短，囊肿迅速长大，且有时可伴有发热。良性者多为生育期妇女，情况良好；而恶性者发病多见于青春期前少女、青少年或绝经后妇女，病情发展快。