需要尽快手术治疗。巧克力囊肿直径在5-6公分左右，就会发生破裂现象，后果不堪设想。因囊液内的子宫内膜碎片会流到盆腔或者腹腔内任何位置，可能会种植在盆腔或者腹腔内的脏器上，会引起新的子宫内膜异位症病灶。
以清淡为主，食用富含营养的物质，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜食用刺激性、海产品等。巧克力囊肿手术之前应该做足术前准备，先提前冲洗阴道，然后积极消炎，防止术后感染，要空腹做手术，要在月经干净后3-7天后做手术，手术之前应该禁止性生活，保持心情良好。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。