此药副作用是消化道的不良反应最多，包括恶心，呕吐，食欲不振等不良反应，甲硝唑它的代谢产物会对胃肠道产生刺激。因此在服用甲硝唑的时候，要饭后半小时服用，这样可以减轻对消化道的刺激。
甲硝唑的副作用有恶心呕吐，食欲不振以及腹部绞痛的症状。甲硝唑主要是用于治疗和预防厌氧菌引起的系统和局部的感染，大剂量也会发生抽搐，少数病例还会发生荨麻疹、面部潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难。
对滴虫和阿米巴原虫有强大的杀灭作用，也可用于治疗厌氧菌感染，主要用于治疗阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿及滴虫性阴道炎，治疗滴虫性阴道炎，对牙周炎也有一定的疗效，外用大多用于治疗痤疮、疥疮、酒糟鼻。
通常来说，甲硝唑能治妇科病，具体分析如下：
甲硝唑对妇科疾病有一定的治疗作用，具体的治疗方式有：滴虫性和细菌性阴道炎，一次400mg，一天2-3次，7天一个疗程。对于霉菌性阴道炎，一般不会有太大的影响，主要用于滴虫性和细菌性阴道炎，如果口服效果不明显，可以通过输液或甲硝唑栓局部外用，在治疗的过程中要避免同房，经常更换内衣。
甲硝唑一般都用于治疗肠道和肠外阿米巴病，还可以治疗阴道滴虫病、小袋虫病和麦地那龙线虫感染，还可以用于厌氧菌感染。甲硝唑不良反应有的时候会很多，会出现恶心、呕吐、食欲不振，还包括神经系统的头痛、眩晕这些。