如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
巧克力囊肿可采用药物、手术治疗。无论是药物治疗抑或手术均有较高的复发率，应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求轻症的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。
巧克力囊肿及早做手术，不可能自行消失的，采用腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，是治疗卵巢囊肿比较先进的技术，不用开腹，不用切除卵巢，能够彻底剥离和取出囊壁，创伤小，出血少，术后粘连少，可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。只要是正规的三甲医院就可以。