脑囊肿是一种先天性的病变，一般不会发生恶变，当囊肿在很小的时候，几乎没有什么症状，一般是在颅脑CT的检查中发现的，是不需要处理的，只需动态观察，定期复查即可。当囊肿增大到一定程度，引起脑组织的压迫症状，如引起颅内压增高，继发癫痫等情况时，需要治疗。
肺囊肿，是胚胎发育障碍所引起的先天性疾病，可以分为支气管源性囊肿和肺实质囊肿，好发于幼年或青年，可单发或多发。囊壁比较薄，与支气管相通，可以形成液气囊肿或含气囊肿，囊肿破裂可形成气胸。如果囊肿比较小，没有临床症状，则不需要治疗，复查、动态观察即可。如果囊肿并发感染，患者出现发热、咳嗽、咳脓痰，并影响肺功能，出现胸闷、气喘等，需要积极抗感染、化痰、平喘治疗。
肺囊肿是由于胚胎发育不良引起的先天性疾病，好发于幼儿时期或者青年时期，可以单发，也可以是多发的。一般囊壁菲薄，与支气管相通，形成液气囊肿或者含气囊肿，囊肿破裂可以引起气胸。肺囊肿一旦确诊，应该尽早手术治疗。因为囊肿随时有可能引起自发性气胸或者继发感染的可能，药物治疗是不能够彻底的治疗的。
肺囊肿是一种相对严重的疾病，通常需要手术切除。而且肺囊肿是不能自愈的，单纯的药物治疗效果不是很好，只能起到缓解的效果，所以还是要及早的手术治疗，手术之后要改善全身情况，还要注意避免肺纤维化。加强营养还要注意好好的休息，对于治疗肺囊肿都是有帮助的。
小儿膎窝囊肿的治疗与成人不同。孩子们经常不与关节沟通，很少有关节内损伤，这通常可以治好自己。成人经常有关节内损伤。手术切除囊肿应同时治疗关节内病变，否则易复发。原则上，所有的腘窝都应该切除。术前应行关节镜检查。其中大部分可以通过后内侧或后外侧切口进行。
早期发现时可先观察避免挤压，有些囊肿可自行消退，无需处理。如无法消退则以手术切除为主要手段，将囊肿及周围手术区域内的小腺体一并切除，但缝合时仍可能将周围腺体的导管阻塞再次形成囊肿。
