有可能是有呼吸道感染或是有支气管痉挛的，观察咳嗽时有没有痰，尤其有支气管炎或者是肺炎的可能性比较大，可以通过做相关检查进行确定，是否有发烧等症状。根据病情采取有效的药物治疗。有感染的情况下，需要及时的服抗生素消炎药。
考虑气道有不同程度的炎症反应。气道有炎性物质分泌物的刺激，可能气道还存在有狭窄，也可能与支气管平滑肌的收缩和痉挛有关。另外就是受到了支原体、衣原体的感染。
小儿凌晨四五点咳嗽可能因感冒鼻涕过多，平躺倒流刺激咽后壁引起，也可能是支气管炎或咽炎引起的，可以到医院查血常规、胸部X线以明确诊断，咳嗽是一种反射性的保护动作，当呼吸道内有异物或分泌物时，通过咳嗽咳痰可将其排出。
一般情况下，宝宝吃了药咳嗽更厉害了，很有可能是因为药物噎进了气管，需要及时停药。服药数日不见改善，甚至还会加剧，可能是用药不当引起的，也可能是饮食过量，或是吃了一些敏感的食品引起的。饮食过量可以服用儿童消积止咳口服液。若无病因，则应做胸部X线检查，排除肺部感染，同时也需要做血常规、c反应蛋白、呼吸道病原等检查，以明确具体的原因，并对症治疗。
小儿凌晨咳嗽具体处理方式要看导致咳嗽的原因。
小儿咳嗽是很常见的，有的咳嗽时间段明显，有不分时间段，一天中任何时间段都可能咳嗽。若小儿凌晨咳嗽是喝水呛入气管导致的，轻拍背部咳嗽会慢慢缓解。若是房间空气过度干燥，给孩子适当喝点温开水咳嗽的症状也会缓解。另外常见的是呼吸道感染，加上夜间是小儿肺排毒时间，此时分泌物就会增加，针对这类咳嗽症状加重要进行适当的抗感染、止咳、化痰等治疗。
是由于受凉感冒引起的对冷空气敏感咳嗽，可以配合按摩，能很好的防治咳嗽，不断的捶打宝宝的后背，多喝水、多休息，宝宝很快会好的。如果这些方法不行，就要吃止咳药了。