一般生化妊娠是受精卵着床不成功导致的阴道出血，宫外孕流产是宫腔内没有孕囊的情况下有阴道出血。一般生化妊娠和宫外孕自然流产一般是不容易区分的。可能是宫外孕流产出血，一般不容易区分。
宫外孕和生化妊娠流血的区别是生化妊娠阴道流血时间比较早，大体上在月经应该来潮的时间段出现阴道流血，量也类似于一次月经，时间也会和月经来潮差不多，单纯依靠症状不能诊断是否是月经来潮还是生化妊娠。宫外孕阴道流血时间往往在月经延期几天以后出现，量不大，并且可能持续时间比较长，淋漓不尽。
生化妊娠主要是精子和卵子结合以后，进入到宫腔，但是没有在子宫内膜着床，然后就流产，只停留在生物化学手段能够检测出来的水平。这种患者在月经期会有少量阴道出血。当做一次月经来潮，感觉有轻微下腹坠胀的感觉，没有其他不适症状。
生化妊娠就是受精卵着床不成功，不算是真正的怀孕，生化妊娠有部分人会明显感到肚子疼痛、腰酸，有些人会持续性的肚子疼痛，而有相当一部分人只是短暂性肚子疼痛，而大部分人是完全没有任何症状表现的。
生化妊娠往往没有症状，因为生化妊娠是受精卵着床种植失败，查血时HCG值会有增高，但基本没有症状，有时候可能表现为月经量稍微多一点，可者月经稍微退后几天，部分患者甚至月经周期都没有变化。
