甲硝唑、替硝唑、奥硝唑三者的区别为它们都是同族的，抗厌氧菌。只是甲硝唑是第一代产品，替硝唑是第二代，奥硝唑是第三代。在结构上，母环相同，只是侧链取代基不同。治疗效果依次升高，副作用依次减小。
甲硝唑片和奥硝唑片的区别在于耐药性不同，而且药物的效果也有差别。甲硝唑属于一代的硝基咪唑类药物，奥硝唑属于甲硝唑的更新换代产品，奥硝唑的副反应比甲硝唑少，其次奥硝唑的半衰期比甲硝唑长。
两种药物性质一样，但是奥硝唑更好一些。替硝唑主要治疗多种厌氧菌引起的感染比如腹腔感染，盆腔感染，支气管感染，肺炎或者败血症，口腔感染，以及术后伤口感染。还可以作为甲硝唑的替代药，用于治疗消化性溃疡或者胃窦炎。
两者在作用和用途上基本是一样的。甲硝唑属于第一代硝基咪唑类药物，替硝唑属于第二代硝基咪唑类药物，还有奥硝唑属于第三代硝基咪唑类药物。替硝唑是甲硝唑的衍生物，甲硝唑是老一代产品，替硝唑是甲硝唑的升级换代产品，替硝唑抗细菌、抗寄生虫的效果比甲硝唑要强一些。
奥硝唑与甲硝唑的区别，奥硝唑用于由厌氧菌感染引起的多种疾病。男女泌尿生殖道毛滴虫、贾第鞭毛虫感染引起的疾病。手术前预防感染和手术后厌氧菌感染的治疗。甲硝唑，治疗阴道滴虫病。治疗肠道及组织内阿米巴病。
甲硝唑属于一代的硝基咪唑类药物，奥硝唑属于甲硝唑的更新换代产品，属于三代的硝基咪唑类药物。首先奥硝唑的副反应比甲硝唑少，比如甲硝唑容易和酒精产生反应，有类似于双硫仑样反应，奥硝唑由于结构的优化就不会产生，其次奥硝唑的半衰期比甲硝唑长，能够降低患者耐药率、耐药风险。临床上有些细菌对甲硝唑可能会产生耐药性，奥硝唑对于甲硝唑耐药的细菌临床应用有效。