生殖中心做个评估，如果囊肿不大，输卵管通畅有问题，可以直接做试管婴儿。囊肿较大可以考虑穿刺抽取囊液，用GnRHa控制3-6个月后做试管婴儿;或者取卵后再次腹腔镜手术，术后再进行胚胎移植。
避免食用过多油腻的食物，因为脂肪会形成堆积，使伤口不能快速愈合，对细菌的抵抗能力也是会减弱的，所以不要食用太多。不要食用容易胀气的食物，高淀粉类的食物：萝卜、土豆、红薯、芋头、南瓜、板栗等。
大多数情况下是术后半个月左右可以怀孕，但是具体还是要视身体的恢复情况而定。专家表示，巧克力囊肿术后试孕越早怀孕机会越大。因为巧克力囊肿的复发机会较高，并且随着时间的推移，妊娠的能力会逐渐下降，而术后是最容易怀孕的时期，妊娠的过程是对这个病的治疗，也许生完小孩后，此病就痊愈了。
如果囊肿小于4cm，痛经较轻，也没有不孕的病史，那么可以先不开刀，直接试孕。输卵管通而不畅可以考虑做宫腹腔镜联合导丝介入治疗效果会比较，只要监测有排卵就应该是容易怀孕。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
做微创手术，先把巧克力囊肿给弄掉，然后再按照正常情况去备孕，如果是备孕半年都失败，可以考虑试管婴儿。巧克力囊肿通常来说也就是和内膜异位症有很大的关联，内膜异位症会影响到怀孕的。