卵巢囊肿治疗，主要有药物治疗以及手术治疗，如果囊肿很小的情况，还可以暂时进行观察，可能会自行消失，不需要任何治疗。卵巢囊肿确诊主要是子宫附件的超声检查，但是性质需要根据术后病理检查进一步明确。
卵巢囊肿一经确诊应尽快手术治疗，超过5㎝必须手术，否则随时都有可能发生破裂或蒂扭转的可能而危及生命，药物治疗无效，可以选择腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，不需要开腹不切出卵巢，可最大限度保留生殖器完整性及生育功能。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
早期卵巢囊肿这样治，良性卵巢囊肿的手术治疗，卵巢囊肿切除术，年轻病人尤其是绝经前病人多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后病人，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
其实大多数的卵巢囊肿是不需要治疗的。若是需要治疗的情况下，现在比较好的办法就是做腹腔镜，创伤比较小，术后也恢复快，大多数并不造成粘连，当然，有点粘连也不是大问题，手术只要是切除囊肿，一般是会保留卵巢的。