巧克力囊肿会影响怀孕。因为巧克力囊肿本身，是具有活性的子宫内膜细胞异位在卵巢，随着月经周期出现，每个月都有出血的现象，时间久了就形成一个囊肿。子宫内膜异位症病人在临床上，大约有40%左右的病人会造成不孕不育，所以巧克力囊肿病人及时手术治疗，手术之后尽快计划怀孕。
卵巢巧克力囊肿是指子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，这种疾病本身就对怀孕有一定的影响，手术后反而对怀孕是有帮助的，一般在术后半年内备孕。然后就可以制定自己的生育计划了。
巧克力囊肿手术后怀孕有可能会对胎儿带来影响，因此需要及时到医院进行检查。
巧克力囊肿手术以后会导致盆腔粘连，影响到输卵管，因此会影响到排卵功能，因此需要及时到医院进行检查，如果影响到胎儿健康，需要遵医嘱及时的终止妊娠，因此在做完手术后应该采取相对应的避孕措施。
在恢复期间可以多补充身体所需要的营养，而且还需要适当的进行锻炼。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，通常手术后三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
一般手术三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。建议平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
巧克力囊肿手术后尽量过三个月再开始备孕。手术之后排球的创面需要恢复1到2个月，这一两个月之内是不能够受孕的，但是这一两个月之内内异症病灶容易复发，所以术后要用三个月的药物治疗，这三个月的药物治疗，能够把残留的病灶进一步的沙面，同时能够预防复发，治疗三个月之后，只要恢复月经就可以尽快怀孕。