囊肿单纯采取药物进行控制效果是不明显的，及时采取手术治疗，手术可以采取腹腔镜微创手术治疗。囊肿大于5CM就需要手术治疗的，囊肿是会在一定的程度上影响生育和月经的，会降低受孕机会，即使怀孕后也容易引起流产或早产，现在还未结婚未育的情况下，尽早做囊肿剔除术。一般对以后的生育及内分泌没有影响的，只是做囊肿剔除，不需要切除卵巢，所以卵巢的功能是还在的，不影响激素的分泌和调节。
会。巧克力囊肿是一种常见的妇科疾病。一般巧克力囊肿多数发生于25～45岁的生育年龄妇女，但是个别青少年女孩雌性激素高的也会有患有巧克力囊肿的情况。巧克力囊肿严重危害女性身体健康，所以当患有巧克力囊肿的时候一定要尽早治疗。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿晚期可以通过中医医治，中医更平和，没有副作用，平时要注意提高生活质量，减少部分的并发症，饮食上要清淡一些，不要吃过于辛辣的食物，平时还要注意休息，保持良好的心态。
可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。