有巧克力囊肿一侧卵巢是不会影响到排卵的。出现的囊肿比较小，过一段时间复查一下确诊就可以了。要多注意休息，过一段时间可以复查一下b超，现在可以采用中药进行调理即可。因为有巧克力囊肿是不能怀孕的，就要多注意休息，过一段时间复查确诊。
巧克力囊肿是子宫内膜移位的一种，所以说会影响到排卵。排卵障碍，又称为不排卵，是女性不孕症的主要原因之一，约占25-30%。排卵障碍除引起不孕外，还可导致月经失调、闭经、多毛、肥胖等症状。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
过早切除卵巢，会降低妊娠的机率；由于女性激素的缺失，会导致更年期提前、提前绝经。若在绝经前后切除卵巢则影响很小。临床上因为病情需要、情非得已，否则是不会行卵巢切除术。卵巢是一个性腺器官，是产生并排出卵子，并分泌女性激素的器官。女性的雌激素、孕激素主要由卵巢内卵泡发育过程中分泌。用以维持女性的性征及维持生育。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。