卵巢囊肿分生理性和病理性，生理性囊肿会随着月经周期而发生不同的变化，3-6个月会自行消退或缩小；如果是病理性囊肿则要对症治疗，一般如果囊肿小于6厘米需要先观察，定期到医院复查，大于6厘米就需要住院手术治疗了。
卵巢囊肿的病理类型较多，少部分囊肿为生理性的卵巢黄体囊肿，黄体囊肿在月经后会消失。在月经中期，卵巢黄体受升高的雌孕激素影响不断增大，而形成黄体囊肿。月经来潮时雌孕激素水平降低，黄体萎缩而使黄体囊肿消失。其他类型的囊肿均为病理性囊肿，不会自行消失。发现卵巢囊肿后，小于5cm的囊肿可以观察1～2月，月经后消失的则为黄体囊肿，持续存在或继续增大的囊肿需要手术治疗。
卵巢囊肿有多大，卵巢囊肿对生育影响不大，如果是卵巢巧克力囊肿有可能导致输卵管堵塞，或者卵巢囊肿过大，压迫正常卵巢组织，引起不怀孕都原因很多，去医院系统检查一下。
左侧卵巢囊肿是否会影响生育，需要根据囊肿是否会影响卵巢排卵决定。
如果是单纯性卵巢囊肿不超过5cm，那么在来例假后就会自行消退，不会对排卵造成任何的影响。卵巢巧克力囊肿、囊肿比较大，没有正常的卵巢组织，会影响到卵巢的排卵，从而影响到生育。另外，卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，会引起输卵管粘连、盆腔粘连，从而影响输卵管输送精子和卵子，从而引起不孕或宫外孕。
对于一些生理性的卵巢囊肿，如像黄体囊肿，或者是急性炎症导致的小囊肿等月经干净后再复查或者消炎治疗后是可以自行消退的，如果卵巢囊肿较大，直径在5厘米以上，是不会自行消失的，需要定期复查，如果出现了卵巢囊肿生长较快，或者有盆腔较多积液的情况，需要复查肿瘤标志物，必要时进行手术切除，以防止卵巢囊肿发生蒂扭转或者是恶变的倾向。