取卵手术都是有一定的危险的。现在有很多因素导致了不孕症。只有通过试管婴儿来生宝宝，三分之一的不孕与子宫内膜异位症有关，因此，有巧克力囊肿的女性更不容易怀孕，而且怀孕后流产的风险更高。巧克力囊肿不仅会破坏卵巢的血管分布，还会减少卵巢对促性腺激素的反应，减少卵巢的储备。
是有可能会的，如果巧克力囊肿比较大，有可能会引起腰疼。巧克力囊肿病人的症状表现主要有小腹坠胀感、排尿困难、腰酸腰疼、白带增多、月经紊乱等。由于囊肿的存在，很多人都会有腰骶部酸痛的症状。并且还会有小腹坠胀感。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。
月经不调：卵巢巧克力囊肿者通常会出现月经量过多的症状，这是相当常见的症状，又不少会出现经血较多且带劲的时间比较长的情况；痛经：痛经是巧克力囊肿的主要症状，一般是继发性的症状但会逐年加重，但是临床上也有少数并没有很明显的痛经症状。痛经多是从月经前就开始甚至是在周期的后半期就开始了，要持续一个月经期到月经后的数日才会结束消失，一般疼痛的部位会出现在下腹部位，或者是偏于一侧；性生活痛。
卵巢囊肿不会引起闭经。巧克力囊肿最明显的症状就是月经来的时候疼的厉害，月经期长，巢囊肿分为两种类型，生理性的卵巢囊肿和病理性的卵巢囊肿。因为每个月经周期，女性卵巢内卵泡都有一个卵泡逐渐的长大，长大成熟以后，这个卵泡就要破裂，破裂以后里边的卵子才能够排出来。生理性的囊肿是卵泡长大后，卵泡无法破裂，卵子无法排出，所以卵子无法与精子结合，不能受孕。但是卵泡内的颗粒细胞是会发生转变的。
