只要卵巢囊肿不超过35毫米，就是属于生理性的。但如果超过35毫米，提示是病理性的，如果超过5厘米，是需要考虑手术切除的。卵巢囊肿的危害在临床上普通显示为小腹痛苦或许不适、白带增多、白带异味、月经变态，并且普通小腹内有一个坚实且无痛之肿块，有时性交还会发作痛苦的状况。
卵巢囊肿是一种良性的病变，如果把他脑子的体积不大，比如在5公分之内，还有自限性，对怀孕影响不大。对于伴有月经不调的应积极调理月经，往往会发生一些不良的后果，像腹痛、扭转、感染，还有极个别的发生恶变，会因为对内分泌和排卵的影响而导致不孕。
很可能是卵巢巧克力囊肿，因为巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症所引起的囊肿，在临床上具有很高的复发性，所以在术后为了避免复发可以打达菲林进行治疗。一般是用药三个月到半年的时间。
生理性的卵巢囊肿一般是不会超过5厘米的，这里说的是直径。一般直径小于4厘米的生理性卵巢囊肿都是可以不用去管的，只要做好定期的检查观察变化就行。但是如果是超过了4厘米的，就要考虑进行治疗了。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。