卵巢巧克力囊肿初期可以通过手术治疗。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到盆腔内的卵巢、附件后，每次月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，出的血又不象子宫内的月经血有通道排除体外，而是由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月地积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色，因而得名为巧克力囊肿。
巧克力囊肿是良性卵巢囊肿，怀孕后患有巧克力囊肿采用保守方法来进行治疗，可以采用调理的形式来进行治疗，尽的减少对于胎儿的健康发育造成的影响。可以考虑在生完孩子之后，再采用手术治疗的形式来进行治疗。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
卵巢巧克力囊肿破裂后一定要及时进行治疗，一般有手术治疗和药物治疗。如果置之不理可产生严重影响，可影响月经或者生育。平时作息时间要规律，饮食上要注意清淡，不要吃辛辣刺激行的食物，注意外阴部位的卫生，勤换洗内裤，平时多注意休息。
卵巢巧克力囊肿是对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失，而对于较大的则以手术治疗为先，做输卵管和卵巢功能以及B超的检查，明确不孕病因后治疗。手术后至少半年再怀孕。
要手术治疗，做腹腔镜手术将囊肿切除。有卵巢巧克力囊肿容易影响到卵巢的功能，影响月经，也可能会出现小腹疼痛的症状，这种肿瘤大多是一种良性肿瘤，但是很有可能会出现恶变，保持乐观，注意休息。