确诊子宫内膜异位囊肿后需要及时进行手术治疗，此时手术多采取腹腔镜子宫内膜异位囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，对于囊肿的治疗，除了要及时剔除囊肿，还要尽早保养卵巢，不影响以后生育，所以术后的巩固治疗非常重要。
子宫内膜异位囊肿破裂怎么办：可以行切口修补术，子宫内膜异位囊肿治疗的方式可以通过药物治疗，也可以选择手术治疗。这需要根据年龄、病变的部位和范围，以及临床症状和生育要求等情况全面的考虑。病变很轻，没有什么症状或是症状很小，这种可以过一段时间随访一次。如果有症状，不是很严重，首先做药物治疗，效果不好或是囊肿过大，都需要考虑手术治疗。
需要通过手术来治疗。如果不想做手术使用止疼药物缓解疼痛的症状。因为这种现象会使疼痛比较严重，所以需要尽快通过手术来切除掉。这种现象单纯的用药或者是避免月经来都没有办法得到缓解了。是否能再要宝宝，需要看术后的恢复情况，现在没有办法完全确定的。
要及早手术治疗，因为每来一次月经病情就会加重一次，可以进行微型电子腹腔镜治疗，最大限度地保留不然的生理完整性，根据不然的具体情况采用子宫打孔术或病灶切除术，创伤小，出血少，术后恢复快。
子宫内膜异位囊肿可以做宫腔镜，腹腔镜检查目前用于治疗子宫内膜异位症。腹腔镜对于女性是一种无痛无创的治疗方法。只需要一个3毫米的窗口，安全无痛，使异位子宫内膜安全。
得了这个病已经怀孕的情况下就需要等到正常分娩之后治疗，因为此病是会导致不孕。子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜细胞异位到卵巢组织上，形成的囊肿，随着月经周期出血，可逐渐增大。其囊性结构主要是子宫内膜的上皮细胞腺体，囊内会充满陈旧性血液，血液长时间浓缩，颜色变成类似于巧克力色，又称为巧克力样囊肿。