输卵管积水，大多是因为输卵管的慢性炎症引起，往往伴有慢性腹痛病史，输卵管局部膨大增粗。而输卵管系膜囊肿，没有明显诱因，是位于输卵管与卵巢之间的系膜处，与输卵管无关，两者从查体上的表现，往往无法鉴别，因为都可以在一侧附件区触及增大的囊性包块，但是可以行B超及输卵管造影鉴别，也有一部分鉴别困难的需要手术中方能确诊。
有输卵管积水和巧克力囊肿，首先输卵管积水可以阻碍精子和卵子的结合，造成不孕，需要在腹腔镜下做输卵管疏通术，同时做巧克力囊肿挖出，保留卵巢就可以，这两个手术是可以同时进行的。
这两种容易区分。输卵管和卵巢是两个脏器，输卵管积水一般是由于炎症引起的渗出。卵巢囊肿一般可以分为病理和生理性的，种类很多，原因也不尽相同。例如卵泡囊肿和黄体囊肿就是生理性的囊肿。
输卵管积水和卵巢囊肿是有区别的，输卵管积水是输卵管炎症造成的，卵巢囊肿是卵巢上的囊性包块，输卵管有问题容易导致盆腔炎及输卵管堵塞，积极选择配合检查对证抗炎用药复查较好的，考虑避免压力大，可以造影术确诊。
卵管积液最常见的原因就是一个局部感染导致以后出现的，输卵管囊肿都是由于炎症导致的并伴有盆腔炎和输卵管积水。平时没有妇科的炎症的存在，可以用一段时间的抗生素进行治疗。平时注意个人的卫生。
手术不是很简单，巧克力囊肿一般是子宫内膜移位导致的；输卵管积液是由于输卵管炎症导致的输卵管闭塞，使输卵管内的分泌物流不出来集聚在输卵管。巧克力囊肿和输卵管积液一次麻醉两个疾病一起手术，费用根据医院的级别不同收费标准不太一样的。