巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过经保守性手术后仍有复发。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿的治疗方法是腹腔镜剥除术。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查，可采用药物、手术治疗（保守性）。迄今为止，除性手术外，尚无一种理想的方法。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。
