囊卵巢的治疗方法有很多，药物治疗、物理治疗、手术治疗等，不同的患病情况，治疗方法不同，只有积极地针对患病情况进行治疗，才能有效控制多囊卵巢。在确诊多囊卵巢之后，较不要自行盲目服药，较好谨遵医生嘱咐，以免由于自身盲目服药，导致自身体内菌群失调，影响疾病的治疗效果。
多囊卵巢可以经内分泌科先药物调理，如果必要时可能要更进一步治疗，比如卵巢打孔等，主要看看卵巢囊肿的大小，如果是超过五公分的，一般需要采取手术治疗，多吃清淡的食物，多吃蔬菜水果。保持营养的均衡，多吃一些蔬菜类的，比如白菜，黄瓜，西红柿，紫甘蓝，芹菜等，水果类的可以多吃一些哈密瓜，香蕉，苹果等。
多囊卵巢是一种妇科内分泌疾病，主要表现就是高雄激素和高胰岛素血症以及不排卵。因为会影响排卵，所以会影响怀孕。治疗起来一般是服用一段时间的短效避孕药，然后促排卵。如果伴有肥胖，还要通过控制饮食和坚持运动来控制体重。如果伴有高胰岛素血症或胰岛素抵抗，一般还要加用二甲双胍纠正胰岛素抵抗。
治疗多囊卵巢，一般服用药物治疗，在医生指导下合理服用药物，用药期间要定期抽血检查激素六项，看激素恢复的情况，应当坚持用药，直到激素恢复正常。用药期间注意休息，不要熬夜，多吃蔬菜、水果，不要吃辛辣刺激的食物，以免影响身体恢复。多囊卵巢综合症是内分泌紊乱引起的。
多囊卵巢综合征以卵巢功能障碍为显著标志。但本病并不仅仅是对女性月经及生殖健康的影响，还常常并发糖尿病，代谢综合征还有子宫内膜癌和心血管疾病。可以说是女性内分泌及代谢异常的慢性病。饮食宜平淡，留意避免辛辣刺激的饮食，需要避免甜食。