巧克力囊肿的治疗可以通过药物或手术来治疗。到目前为止，还没有理想的治疗术。无论是药物治疗还是保守治疗，都有很高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变情况和生育要求进行选择，并强调个体化治疗。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
可采用药物或手术治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度病人明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症病人可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求病人可进行手术治疗。
卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。