女性卵巢巧克力囊肿的治疗方法，要根据女性的年龄，对生育的要求来决定，比如生育期的女性，卵巢巧克力囊肿直径大于3个cm，有生育的要求，此时应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，手术之后可以恢复卵巢正常排卵以及盆腔内环境。
子宫内膜异位症会引起巧克力囊肿，会有明显的痛经。甚至会影响生育，可以手术进行治疗。然后手术成功以后再配合治疗妇科病。如果不治好，会对怀孕有影响。心态放松，积极治疗。
可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果，定期复查超声检查看看巧囊的大小，如果不长就可以观察看看，长的快就可以手术切除治疗。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。
巧克力囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗两种，其中药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，可能会复发；手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术是本病处理方法。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不及时治疗，囊肿会不断增大，威胁女性生育，甚至会导致女性不孕，所以积极治疗是关键。巧克力囊肿手术治疗效果比较好，一般治疗时间在月经干净后的3-7天，要做好术前准备，具体需要按照医生的指导来进行。
囊肿都是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，手术可以采用微创手术，微创手术的治疗效果好，创伤小，恢复快等优点。