巧克力囊肿的病人一经诊断，应该尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用GnRH-a类药物治疗，对于预防短期内复发可能有帮助作用。还可以选用其他药物，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
巧克力囊肿要到正规的三甲医院进行诊断，根据不同的病情来制定合理的治疗方案，接受系统、科学的治疗，只有对症治疗才会提高治好的几率，千万不要盲目去治疗，以免加重病情。
巧克力囊肿手术以后应该吃些营养的，温通经络的，滋补肝肾的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，炒菜煲汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，补充蛋白质等。不吃或少吃辛辣剌激的，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。
目前卵巢巧克力囊肿比较大，需要做手术处理。术后是否会复发，因人而已，需要复查着看。放松心情，避免心理压力过大，注意休息，避免剧烈运动，不要吃辛辣刺激性食物，遵从医嘱，积极配合医生治疗。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。