巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。
除了手术和药物治疗外，还可以用艾灸，而且各种囊肿用艾灸都是适合的，主要是艾灸可以阻止囊肿的再生。因为用艾灸可以改善血瘀的体质，用艾灸可以改变虚寒的体质，体质改变了，囊肿便没有了再生存环境。
巧克力囊肿正确的处理在于及时的手术治疗。术中应将流入盆腹腔的巧克力液彻底冲洗干净。手术方式需对生育的要求而定，如渴望生育，应尽量切除病灶，松解粘连，保留子宫及正常卵巢组织，为日后生育创造条件。
饮食上多增加营养，经期不吃凉食物。巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的。属于良性病变，可以遵医嘱口服止痛药物治疗。腹部要保暖，定期去医院复查，经期不要过性生活。如果还不好，可以去正规医院手术治疗。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
巧克力囊肿吃以下食物好得快，新鲜的水果和蔬菜，不宜吃辛辣刺激性食物，清淡为主。如新鲜的蔬菜和水果等，能够补充身体的纤维素和微量元素。水果包括苹果，鸭梨等。蔬菜包括菠菜，茄子，胡萝卜，白菜，油菜，香菇等。