巧克力囊肿正确的处理在于及时的手术治疗。术中应将流入盆腹腔的巧克力液彻底冲洗干净。手术方式需对生育的要求而定，如渴望生育，应尽量切除病灶，松解粘连，保留子宫及正常卵巢组织，为日后生育创造条件。
除了手术和药物治疗外，还可以用艾灸，而且各种囊肿用艾灸都是适合的，主要是艾灸可以阻止囊肿的再生。因为用艾灸可以改善血瘀的体质，用艾灸可以改变虚寒的体质，体质改变了，囊肿便没有了再生存环境。
巧克力囊肿腹快速治疗方法应该是腔腹镜手术，应该来说去当地医院检查下，在医生嘱托下，积极进行治疗，期间不吃辛辣刺激的食物，平时要注意个人卫生，多喝水，多吃蔬菜和水果，不要熬夜，不要做剧烈的运动，勤换洗内裤，多锻炼身体，提高自身抵抗力。
巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。